Теория:

Сложные предложения с разными видами связи состоят из частей, соотносимых с простыми предложениями. А значит, знаки препинания внутри этих частей ставятся по тем же правилам.
Между частями сложного предложения могут стоять запятая, точка с запятой, тире и двоеточие. Их постановка определяется правилами для сложносочинённых, сложноподчинённых и бессоюзных предложений.
Остановимся на предложениях, в которых рядом стоят два союза — сочинительный и подчинительный. Нужна ли запятая между этими союзами?
Запятая между сочинительным и подчинительным союзами ставится, если дальше нет союзов то, так или но. Если эти союзы есть, то запятая не нужна.
Пример:
мы прибежали к финишу первыми, и, когда стали пересчитывать членов нашей команды, Андрей сказал, что кого-то не хватает.
Мы прибежали к финишу первыми, и когда стали пересчитывать членов нашей команды, то Андрей сказал, что кого-то не хватает.
Дождь шёл уже давно, ихотя мы промокли, идти домой совсем не хотелось.  
Дождь шёл уже давно, и хотя мы промокли, но идти домой совсем не хотелось.